Ο Έγκον Σίλε γεννήθηκε στις 12 Ιουνίου 1890 στο Τουλν αν ντερ Ντόναου στην Κάτω Αυστρία. Έζησε στην Βιέννη. Ο πατέρας του εργάζονταν στους Αυστριακούς Σιδηροδρόμους. Η μητέρα του, Μαρί Σουκούπ ήταν γεννημένη στο Κρούμαου της Βοημίας.
Σε ηλικία 15 ετών ο Σίλε έχασε τον πατέρα του από σύφιλη. Την κηδεμονία του ανέλαβε ο θείος του, Λέοπολντ Τσίχατσεκ. Αν και ο ανιψιός του αδιαφορούσε για τις σπουδές του γεγονός που τον ενοχλούσε δεν αρνήθηκε το ταλέντο του στη ζωγραφική.
Το 1906 ο Σίλε στάλθηκε να σπουδάσει στη Σχολή Καλών Τεχνών της Βιέννης.
Το πέρασμα του ήταν σύντομο. Την επόμενη χρονιά εγκατέλειψε τη σχολή. Η φοιτητική πειθαρχία που κλήθηκε να υπηρετήσει εκεί του ήταν απεχθής.
Ένα χρόνο αργότερα ο Σίλε αναζήτησε τον Γκούσταβ Κλιμτ, ο οποίος ενδιαφέρθηκε ιδιαίτερα για το ταλέντο του.
Ο Κλιμτ εισήγαγε τον Σίλε στη Wiener Werkstätte, το εργαστήριο που ήταν συνδεδεμένο με τον Ζετσεσιονισμό.
Πολλά από τα έργα του χαρακτηρίστηκαν ακόμα και ως πορνογραφικά, γι’ αυτό τον λόγο, ο Σίλε δικάστηκε και τελικά φυλακίστηκε για τρεις μέρες επειδή ορισμένοι πίνακές του είχαν εκτεθεί σε χώρο που ήταν προσβάσιμος από παιδιά. Όσο ήταν στη φυλακή, ο Σίλε ζωγράφισε 12 πίνακες που απεικόνιζαν τις δυσκολίες της ζωής στη φυλακή.
Στη διάρκεια της σύντομης ζωής του, ο Σίλε απεικόνισε την πραγματικότητα του μυαλού του των σκέψεων του, των αμαρτύρητων πόθων του αδιαφορώντας για την ηθική της εποχής. Ο εαυτός του, η σύζυγός του, η ερωμένη του, η μητέρα, η Αυστριακή επαρχία, η γυναίκα και ο άνδρας πριν, κατά την διάρκεια ή μετά την ερωτική πράξη υπήρξαν αγαπημένα του θέματα.
Στις 17 Ιουνίου 1915, ο Σίλε παντρεύτηκε την Εντίθ Χαρμς.
Κατά τον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο κλήθηκε να υπηρετήσει στη Πράγα. Πολλοί στρατιωτικοί αναγνώρισαν το ιδιαίτερο ταλέντο του στη ζωγραφική, γι’ αυτό τού συμπεριφέρθηκαν καλά.
Το φθινόπωρο του 1918, είχε ξεσπάσει η Ισπανική γρίπη, που σκότωσε περίπου 20.000.000 άτομα στην Ευρώπη.
Η σύζυγός του, Εντίθ, που ήταν 6 μηνών έγκυος, πέθανε στις 28 Οκτωβρίου, ενώ εκείνος πέθανε τελικά στις 31 Οκτωβρίου 1918, τρεις μόλις μέρες μετά τον θάνατο της συζύγου του, μόλις στα 28 του χρόνια. Κατά το διάστημα των τριών ημερών μεταξύ του θανάτου της συζύγου του και του δικού του, ζωγράφισε ορισμένα σκίτσα της Εντίθ, τα οποία ήταν τα τελευταία του έργα.
Ο Σίλε έφυγε από την ζωή σε ηλικία 28 ετών. Η προσωπική του ζωή μπορεί να χαρακτηριστεί και τρικυμιώδης. Κατηγορήθηκε για πορνογραφία και αποπλάνηση ανηλίκων. Αγαπημένο του μοντέλο ήταν η ερωμένη του Walburga Neuzi. Πρόσωπο που γνώρισε μέσω του Αυγούστου Κλιμτ.
